Es gebe aber auch Schattenseiten. Zum einen seien die „Wohltaten” sehr ungleich verteilt. Die Tarifsenkung bringe denjenigen Kapitalgesellschaften die größte Entlastung, die aus dem Vollen schöpfen könnten - mit viel Eigenkapital, wenig Schulden und hohen Gewinnen. Ferner profitierten große, dauerhaft ertragsstarke Personenunternehmen, die von der Thesaurierungsrücklage Gebrauch machen könnten. Zum anderen bedeute die spätere Ausschüttung im Endergebnis eine Mehrbelastung.
Erhebliche Mehrbelastungen hätten zum Beispiel auch größere Filialbetriebe im Einzelhandel, in der Gastronomie und im Hotelgewerbe zu befürchten: Überall dort, wo das Gewerbe in gemieteten Räumen ausgeübt werde, wo Einrichtungen oder der Fuhrpark geleast seien, steige die Gewerbesteuer durch die neuen Hinzurechnungen mit der Wirkung einer Substanzbesteuerung.
Der Wegfall der degressiven Abschreibung bringe darüber hinaus für mehr als 200.000 Personenunternehmen Nachteile, ohne dass dem Vorteile gegenüber stünden, denn die Nachteile könnten weder durch die Inanspruchnahme der Thesaurierungsrücklage (dafür seien sie zu klein) noch durch die Investitionsförderung (dafür seien sie zu groß) kompensieren. Die Reduzierung der Sofortabschreibung geringwertiger Wirtschaftsgüter führe daneben dazu, dass alle Einzelteile oberhalb eines Wertes von 150 Euro zukünftig erfasst und bewertet werden müssen. Wirtschaftsgüter zwischen 150 und 1000 Euro müssten jährlich in einem Pool zusammengefasst werden und seien über fünf Jahre, gleichmäßig verteilt, Gewinn mindernd aufzulösen, unabhängig von der Veräußerung, Entnahme oder Wertminderung. Die große Koalition habe Steuervereinfachung versprochen, so die IHK, das Versprechen sei aber enttäuscht worden: „Die neuen Regelungen führen zu einem außerordentlich hohen administrativen Mehraufwand, unter dem mittelständische Unternehmen besonders stark leiden.” Der Handelsausschuss fordere die Bundesregierung daher dringend auf, weitere steuerpolitische Korrekturen vorzunehmen mit dem Ziel, endlich ein einfaches Steuerrecht in Deutschland zu schaffen. Anzustreben seien weniger Bürokratie, Minderung der Komplexität, Abschaffung der Rechtsunsicherheit und eine einheitliche, rein gewinnorientierte Bemessungsgrundlage für die Einkommen-, Körperschaft- und Gewerbesteuer.