2009 kam in den niedersächsischen Kirchen eine Debatte über die zukünftige Gestaltung ihrer Zusammenarbeit auf. Ausgelöst wurde diese durch die Idee eines Zusammenschlusses der bestehenden Landeskirchen zu einer einzigen evangelischen Kirche in Niedersachsen. Die Schaumburg-Lippische Landeskirche wollte ihre Eigenständigkeit jedoch bewahren. Gleichzeitig stellte sie klar, an der Zusammenarbeit in einer Konföderation festhalten zu wollen, habe sich diese doch als sehr wertvoll erwiesen. Die Hannoversche Landeskirche strebte den Zusammenschluss an. Die übrigen Landeskirchen lagen eher auf der Linie der Schaumburg-Lippischen Landeskirche.
Dem modifizierten Konföderationsvertrag stimmten mittlerweile alle fünf beteiligten Landeskirchen, auch die Hannoversche Landeskirche, zu. In zehn Jahren soll die Form der Zusammenarbeit geprüft und ausgewertet werden.